纯文本可视化FASTQ质量数据

去年曾老师发来一个github repo，虽然有意思，但在我看来就是乱用emoji，用一个人类不可读（你怎么能够记住表情如何与数值对应上？！）来表示另一个人类不友好（质量编码）的数据，这绝对不是个好主意。

这只是代码中对应关系中的一部分，你看表情能看出FASTQ数据质量如何？你做得到，我算是服了！

可视化我们有很多方法，但这其实不是可视化，而是一长串字符，这本身是好想法，我们可以在console里直接看一下，大概了解下数据质量，而不需要真正去画图。

现在终端上能显示的字体已经非常多样化了，比如我的终端及桌面底部的状态栏：

所以我们完完全全可以用文本的形式画个柱状图出来，甚至于加上颜色！测序质量怎么样？用柱状图有高低可以看，用emoji根本就不适合， 和#$&@!~这些有甚区别么！

做为回应，我写点简单的代码，你给个fastq文件，就可以画出来柱状图：

这图就可以看到，前面质量很好，尾部差一点。

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这篇文章本发表于2017年6月，但由于里面用到了colformat包已经不存在，代码更新了一下，所以重新推送，如果你有兴趣玩一下，请使用下面的代码。

qbar <- function(x, verbose=TRUE) {
  enc = encoding(quality(x))

  qual <- sapply(seq_along(x), function(i) enc[to_char_vector(x[i])])
  mq <- rowMeans(qual)
  if (verbose) {
    names(mq) <- NULL
    print(mq)
  }
  pillar:::spark_bar(mq/max(enc))
}

to_char_vector <- function(x) {
  toString(x@quality@quality) %>% strsplit(split='') %>% unlist
}

质量不好的时候，可能就是凹凹凸凸的：

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